Nacido en Tokio, Japón, Matsumoto es el segudo hijo, además tiene una hermana menor que se llama Eimmy Matsumoto nacida en 1994 en Tokio, Japón y tiene una hermana mayor, cuyo apoyo de KinKi Kids influyó en su decisión de unirse a Johnny's Entertainment en 1996. Envió su solicitud a la agencia el día de su graduación de la escuela primaria y recibió una llamada telefónica semanas más tarde del propio presidente, Johnny Kitagawa, invitándolo a asistir a un ensayo en lugar de la audición. Debido a esto, Matsumoto es considerado élite dentro de la agencia.

Matsumoto inició su carrera como bailarín de back-up para otros grupos, como la mayoría en la agencia antes de formar Arashi en 1999 con 16 años. Se graduó de Horikoshi Gakuen, una renombrada escuela secundaria conocida por sus muchos alumnos de artes escénicas, a la edad de 18 años con otros contemporáneos como Kyōko Fukada y Ai Kato a quien considera como su senpai de la escuela.

Jun entró a los Johnny's en 1996, a la edad de 13 años. Rellenó la solicitud con la que pediría una audición para entrar, pero después de unos días, recibió la llamada de Kitagawa quien le dijo que se reportara ya mismo para empezar a trabajar. Es decir, entró sin necesidad de audicionar~

En septiembre de 1999, a bordo del crucero que navegaría por las costas de Honolulu, Hawái, debutó en Arashi, siendo el más joven de los miembros.

Su carrera continúa al lado de sus amigos, pero en el 2002 tomó parte del terreno actoral, con el personaje de Sawada Shin en el dorama Gokusen; en el 2003 interpretaría otros personajes como Momo/Goda Takeshi en Kimi wa Petto.

En el 2004 escribió la canción "La Familia" en honor al 5to aniversario del grupo y la interpretó en el concierto del Iza, Now!.

En el 2005 tomó el rol de Domyouji Tsukasa, en Hana Yori Dango, personaje que mantuvo en la 2da temporada del drama y también para la película que se estrenó en el 2008. En el 2007 participa en Bambino! con el personaje principal, Ban Shogo, ganando con este el premio del 53o television drama academy awards al mejor actor.

En el 47o Golden Melody Awards, en Taiwán en el 2006, Jun, vestido con un traje gris, fue frecuentemente referido como "El Príncipe Encantador" por los reporteros taiwaneses. Doscientas fans estaban en el aeropuerto el día en que llegó para recibirlo, y él dijo algunas cosas en mandarín cuando presentaba el premio al mejor director.

Fuera de su trabajo en Arashi o como actor, también es co-anfitrión de Utawara Hot Hit 10. Ahí ha presentado a artistas como Janet Jackson pero también es bien conocido por sus peleas con Akanishi Jin, de KAT-TUN~

Actualmente se encuentra trabajando tanto en el nuevo disco de Arashi como en el rodaje de la película de Hana Yori Dango. El líder del Stage (como lo definió la Jimusho), también está en un grupo llamado No Border junto con otros miembros Johnny's: Yamashita Tomohisa, Shingo Murakami, Satou Atsuhiro, Ikuta Tohma, Domoto Koichi, Yamaguchi Tatsuya y Takizawa Hideaki. Cada uno de ellos posee un color, pero cuál le pertenece a cada quien es desconocido y parece que sólo se sabrá hasta el debut.

Matsumoto fue designado el "Líder de Comedia" de Arashi, pero ha perdido más o menos la imagen que se formó. Ahora, más conocido por su franqueza y lengua afilada, que ha sido llamado "DoS" ( "sádico extremo") por sus compañeros de banda y admite abiertamente ser neurótico y metódico. A pesar de ello, todos los de Arashi han declarado que es la persona que más se preocupa por el propio grupo. Él está cerca de sus compañeros de banda y ha declarado que nunca han luchado correctamente ya que se reunió por la agencia, en su mayoría, en parte, a la naturaleza pacífica del líder del grupo Satoshi Ohno y miembro del grupo Masaki Aiba - apoya una reclamación Sho Sakurai por banda. También es conocido por su profunda ética de trabajo - a menudo malabarismo varios proyectos (música, televisión, cine y radio) al mismo tiempo.

Matsumoto es un gran fan de la superestrella americana Janet Jackson, a menudo refiriéndose a su oportunidad de conocer a su ídolo durante varios medios de comunicación. Él también es un fan de los actores de América Johnny Depp, Kevin Spacey, Leonardo DiCaprio y Brad Pitt. Es miope y generalmente lleva lentes de contacto en el escenario y la pantalla, pero vuelve a las gafas cuando no funciona. Ha expresado una profunda admiración por el presidente de su sello, Johnny Kitagawa, que describe como la mayor influencia en su vida. También le gusta el surfear.

v           Al escuchar una canción del grupo chicago al revés, se puede oír su nombre

v           Llevó aparato dental cuando era pequeño. 

v           Le gusta la fotografía y leer

v           Se dice que para el personaje de Hanazawa Rui, Jun intervino diciendo que si Oguri Shun no se quedaba con el personaje, él no sería Domyouji (Es bien conocido que Oguri-kun y él son muy buenos amigos)

v           Se lo relaciono sentimentalmente con su compañera de trabajo Inoue mao.